为了促进科技期刊健康发展，提高科技期刊的质量，推动科技期刊的数字化建设，扩大期刊的影响力，教育部科技发展中心对截至2011年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的教育部主管的期刊，经过严格的评审，评选出“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖45项，二等奖72项。《安徽大学学报》（自然科学版）荣获教育部2011年度“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖，2010年度也曾获“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖，这是第二次获此殊荣。